Müze, Türk Kızılayı'nın Etimesgut'ta yer alan depo yerleşkesi içinde yer almaktadır. 1930'larda inşa edilmiş olan mevcut 4 deponun dönüşümü sonucu oluşmaktadır. Mevcut durumda depolar yer altından birbirleri ile bir raylı sistem aracılığıyla bağlanmaktadır. Bu geçişler kronolojik serginin devamlılığını sağlamak üzere kullanılırken, her bir deponun zemin katında farklı temalar etrafında şekillenen farklı sergiler yer almaktadır.